자연대 제3호관은 신라대학교의 2차 마스터플랜의 중심인 산봉우리를 감아 돌며 위치한다. 전체 마스터 플랜의 흐름을 따르면서 주변 연구동들과 조화롭게 배치되는데 중점을 두었다. 뒷산의 지형을 크게 해치지 않으면서 도로와 운동장을 전면에 두어 접근 및 시야확보를 위한 Open Space를 끌어 들였다. 건축주의 한결같은 요구사항인 자연지형의 최대한 활용과 건물의 남향배치를 충족하는 자연스런 배치를 추구하는데 역점을 두었다. 본 건물은 실험실이 주요 프로그램으로 각 과별로 독립사용과 공통사용 유무에 따라 인접배치를 하였으며 특수장비 및 공조시스템의 필요에 따라 층별로 나누었다. 교수연구실과 휴게공간은 남행으로 배치해 빛과 조망을 적극적으로 끌여 들여 거주공간의 질을 높였다.